จุดกำเนิดของอัลกออิดะห์ในฐานะเครือข่ายที่ปลุกปั่นการก่อการร้ายทั่วโลกและฝึกผู้ปฏิบัติการสามารถสืบย้อนไปได้ถึงสงครามในอัฟกานิสถานของโซเวียต (ธันวาคม 2522 – กุมภาพันธ์ 2532) สหรัฐอเมริกาสนับสนุนกองโจรมุญาฮิดีนอิสลามต่อกองทัพสหภาพโซเวียตและสาธารณรัฐประชาธิปไตยอัฟกานิสถาน[27] ในเดือนพฤษภาคม 2539 กลุ่มแนวร่วมอิสลามโลกเพื่อญิฮาดต่อต้านยิวและครูเสด (WIFJAJC) ที่ได้รับการสนับสนุนโดยอุซามะฮ์ บิน ลาดิน และภายหลังปฏิรูปเป็นอัลกออิดะห์ เริ่มต้นตั้งฐานปฏิบัติการขนาดใหญ่ในอัฟกานิสถาน ซึ่งรัฐบาลฏอลิบานที่เป็นอิสลามสุดโต่งเถลิงอำนาจในปีเดียวกันนั้น[28] ในเดือนกุมภาพันธ์ 2542 อุซามะฮ์ บิน ลาดินลงนามในฟัตวาห์ ในฐานะผู้นำอัลกออิดะห์ ประกาศสงครามต่อชาติตะวันตกและอิสราเอล[29][30] ต่อมา ในเดือนพฤษภาคม ปีเดียวกัน อัลกออิดะห์เผยแพร่วิดีทัศน์ประกาศสงครามต่อสหรัฐอเมริกาและชาติตะวันตก[31][32]

หลังเหตุระเบิดสถานทูตสหรัฐอเมริกาในเคนยาและแทนซาเนีย[33] ประธานาธิบดีบิล คลินตันแห่งสหรัฐอเมริกาเปิดฉากปฏิบัติการอินฟินิทรีช (Operation Infinite Reach) การทัพทิ้งระเบิดในซูดานและอัฟกานิสถานต่อเป้าหมายที่สหรัฐยืนยันว่าเกี่ยวข้องกับ WIFJAJC[34][35] แต่ประเทศอื่นตั้งคำถามว่า โรงงานผลิตยาในซูดานถูกใช้เป็นโรงงานการสงครามเคมีหรือไม่ โรงงานดังกล่าวผลิตยาต้านมาลาเรียในภูมิภาคเป็นจำนวนมาก[36] และราว 50% ของความต้องการยาในซูดาน[37] การโจมตีดังกล่าวไม่สามารถสังหารผู้นำ WIFJAJC หรือฏอลิบานได้แม้แต่คนเดียว[36]

ต่อมาเป็นแผนลับโจมตีสหัสวรรษ พ.ศ. 2543 ซึ่งรวมความพยายามวางระเบิดท่าอากาศยานนานาชาติลอสแอนเจลิส ในเดือนตุลาคม 2543 เกิดเหตุวางระเบิดยูเอสเอส โคล ตามด้วยวินาศกรรม 11 กันยายน พ.ศ. 2544[38]